Die Forschungsprojekte kombinieren ökonomische, insbesondere industrieökonomische und sozialwissenschaftliche Ansätze. Auf der Basis strukturierender theoretischer Ansätze werden Innovationsprozesse und die sie bestimmenden Determinanten untersucht. Die Forschungsarbeiten sind größtenteils empirisch ausgerichtet, schließen aber auch die eigenständige Entwicklung angewandter theoretischer Modelle ein.
Ein wichtiges Kennzeichen der Arbeiten ist die Nutzung anspruchsvoller empirischer Verfahren, die eine optimale Auswertung der verwendeten Daten gestatten sollen. Die Arbeiten zielen dabei in der Regel darauf ab, kausale Zusammenhänge zu identifizieren, so durch Einsatz von Instrumentvariablen, Difference-in-Difference-Ansätze oder Regression-Discontinuity-Verfahren. Zudem kommen häufig panelökonometrische Verfahren zum Einsatz. Die wirtschaftswissenschaftliche Forschung am Max-Planck-Institut für Innovation und Wettbewerb erstellt darüber hinaus oft originäre Daten, z.B. in Befragungen oder mit Hilfe von Big-Data-Ansätzen durch Selektion von Daten aus dem Internet (Datamining) oder anderen Primärquellen.
Um für die Forschungsarbeiten der Abteilung auch experimentelle Methoden einsetzen zu können, wurde gemeinsam mit dem Max-Planck-Institut für Steuerrecht und Öffentliche Finanzen das Experimentallabor econlab aufgebaut. Zudem arbeiten in der Abteilung Datenwissenschaftler, die die Erstellung und Analyse umfangreicher Datensätze im Bereich von Patenten, Marken, Unternehmensdaten und Informationen zu Gerichtsverfahren vorantreiben. Diese Ressourcen sollen auch externen Wissenschaftlern zur Verfügung gestellt werden.